P. Middendorf war von 1956 bis 1972 Missionar in Legu (Kongo).

Missionar 

Nach dem Ende seiner Amtszeit in Rom meldete sich Pater Middendorf 1956 für den damaligen Kongo, der später in Zaire umbenannt wurde. Zu diesem Zeitpunkt war er 58 Jahre alt. Er betreute 16 Jahre lang die Missionsstation Legu in der Diözese Wamba. 1964 in der Zeit des Simbaaufstandes wurde er ins Gefängnis geworfen und erlebte die Ermordung seines Bischofs und vieler Missionare und Missionsschwestern.

In einer Chronik über das Missionshaus und die Pfarrgemeinde Handrup, 1977 in Handrup erschienen, findet man folgende Schilderung über die Unruhen im Kongo 1964:

„Ab dem 1. 1. 1964 befanden sich 60 Missionare unserer Genossenschaft in den Unruhegebieten des Kongo um Stanleyville und Wamba, dazu einige Hundert Schwestern aus verschiedenen Orden und Kongregationen, Schulbrüdern und nicht zuletzt 20 einheimische Priester und etwa 50 einheimische Schwestern.

Von den Anfängen bis 1930 waren etwa 40 deutsche Missionare unserer Genossenschaft in Stanleyville und Wamba. Doch dann nahm die Zahl stetig ab. Die Gründe hierfür dürften in den politischen Verhältnissen unseres Vaterlandes und in den Folgeerscheinungen des zweiten Weltkrieges zu suchen sein, vor allem aber auch deshalb, weil wir als deutsche Provinz im Jahre 1923 ein eigenes Missionsgebiet in Südafrika übernommen hatten, dem fortan unsere ganze Kraft gelten musste. So schmolz die Zahl unsere deutschen Missionare im Kongo auf fünf zusammen. Einer kehrte kurz vor Beginn der Unruhen als kranker Mann nach Europa heim. Die restlichen vier gerieten in die Unruhen. Doch sie wurden alle gerettet. Einer entkam nur mit Mühe dem Gemetzel in Stanleyville und befindet sich bereits in seiner Heimat. Die drei übrigen überlebten die Schreckenstage in Wamba. Am 5. Januar erhielten wir die Nachricht, dass sich alle in Sicherheit befänden, unter ihnen war auch Pater Heinrich Middendorf. Doch die Freude über die Rettung der drei Deutschen wurde von der Hiobsbotschaft über das Schicksal unserer Patres aus den anderen Provinzen getrübt: 19 tote Missionare und 9 vermisste, dazu 28 ermordete Schwestern vornehmlich aus Belgien und Luxemburg. 19 tote Missionare: 1 Bischof, 14 Patres, 4 Brüder. Nach Nationalitäten aufgegliedert: 11 Belgier, 5 Holländer, 2 Luxemburger, 1 Italiener.

Am 13. Januar fanden für die ermordeten Missionare die Trauerfeiern in Brüssel, dem Sitz unserer belgischen Missionsprokura, statt. Unter großer Anteilnahme des katholischen Volkes, im Beisein eines königlichen Gesandten und des gesamten belgischen Episkopates sowie von drei Bischöfen unserer Kongregation zelebrierte Kardinal Suenens ein Pontifikalrequiem. Bei der Totenfeier waren mehrere Hundert Missionare und Schwestern aus dem Kongo anwesend, darunter war auch Pater Heinrich Middendorf, dem man noch die Spuren der Entbehrung und Misshandlungen ansah.“